Az 1999-es bombázások kétfelől érintették Szabadkát. Kelet és Nyugat felől, hiszen Milosevic ezeken a területeken állíttatta fel rakétarendszerét, melyek következtében a város környékét bombatámadások érték. Mivel a város központja és a Paulinum épülete e rakétarendszerek között helyezkedett el, így ha maga a bombázás nem is, de keletkezett légnyomás megkárosította a Paulinum épületét is, első sorban a tetőszerkezetet. A tetőt mindjárt fel kellett újíttatni, hiszen egy épület legfontosabb része a tető, ami fedi az épületet. A felújításkora vállalkozó nem vette eléggé figyelembe a tetőszerkezet esését, és ezért évről-évre a hóolvadáskor és nagyobb esőzéskor a víz nem kifelé, hanem befelé folyt. Ezért beáztak a második emeleti szobák és helységek. Az utóbbi években az épületen mindig újíttattunk valamit, és most került sor a tetőszerkezet javítására, illetve annak meghosszabbítására. Továbbá a csatornarendszert is cserélni kellett és a második emeleti szobák egy részét is renoválni kellett. Nagy munkálatokról van szó, melyek még folynak és reméljük, hogy az iskola kezdetéig befejeződnek. A tetőjavítások már elkészültek, melyet első sorban a járókelők vettek észre, mert eltűntek az állások, a belső munkálatok viszont még folynak. Itt még sok tennivaló van, hiszen a szobák mennyezetéről van szó, a parkettákról, meszelésekről és még sok más apró munkálatról.

A felújítások nagy anyagi kiadásokkal járnak. Ezeket csakis jótevők segítségével tudjuk véghez vinni. Mivel január 25-én, a búcsún és az iskolanapon vendégünk volt Msgr. Matthias König németországi püspök, aki személyesen is meggyőződött a szükséges és elvégezendő munkálatokról, ezért első sorban hozzá folyamodtunk támogatásért. Ő nagylelkűen támogatta a munkálatokat, továbbá az Amerikai Egyesült Államok Püspökkari Konferenciájának Közép-európai Osztálya és a németországi Menden városának Heilig Kreuz Alapítványa. A Paulinum Szeminárium és Gimnázium vezetősége mindenek előtt nagy hálával tartozik az említett jótevőknek, továbbá mindazoknak, akik bármi módon hozzájárultak ahhoz, hogy a Paulinum épülete szebb és működőképes legyen.